Über viele Jahrhundertelang gab es in der Johanneskirche verschiedene Orgeln, doch ist aus dieser Zeit leider nichts über die Orgeln bekannt. Erst im Jahr 1893 wird zum ersten Mal eine Orgel in der Kirche erwähnt. In diesem Jahr wurde eine bereits bestehende Orgel durch ein Instrument des Freiburger Orgelbauers Fridolin Merklin ersetzt. Die neue Orgel besaß zwei Manuale, ein Pedal und 15 Register. Sie tat über achtzig Jahre ihren Dienst in der Johanneskirche. Bis zum Einbau eines elektrischen Motors durch die Firma E.F. Walcker aus Ludwigsburg im Jahr 1954 mussten dabei bei jedem Gottesdienst zwei Konfirmanden abwechselnd den Blasebalg treten, um die Luftzufuhr für die Orgelpfeifen zu gewährleisten.
Im Jahr 1979 wurde die Orgel aus dem Jahr 1893 durch eine Orgel des Orgelbauers Georges Heintz aus Schiltach ersetzt. Sie besitzt eine mechanischer Spiel- und Registertraktur, zwei Manuale, ein Pedal, 13 Register und zwei Vorabzüge und ist bis heute in der Johanneskirche zu hören.
Im Juli 2020 fand eine Generalsanierung der Orgel durch den Orgelbaumeister Benjamin Buob aus Emmendingen statt. Dabei wurden sämtliche Orgelpfeifen ausgebaut und die Elektrik erneuert. Durch die Sanierung der Orgel klingt sie nun viel harmonischer, zur Freude der Organistinnen und Organisten wie auch der Gemeinde.
Bilder von der Orgelsanierung im Juli 2020 (während der Corona-Zeit)
